ここで時代はいっきょに１４世紀に跳び、南北朝の対立する時代に移ります。この間については、今のところ詳細は空白になっています。（茨城県史を調べる必要があると思っていますが、未だできていません。）
１４世紀初頭の頃、近畿地方では新興の武士が力を伸ばし、既成の権力に対抗し始めますが、鎌倉幕府＝北条政権はこれを取り締まりきれなくなりつつありました。この幕府の衰えをみて、後醍醐天皇は討幕計画を進め、元弘元年（１３３１）に挙兵しました。足利尊氏も幕府にそむいて、元弘３年（１３３４）京都六波羅探題を攻め、これを滅ぼしました。関東では新田義貞らが幕府の本拠地鎌倉を攻め、北条高時以下の北条一族を滅ぼし、鎌倉幕府は滅亡しました。
後醍醐帝は元弘３年６月、京都に帰り、自ら新しい政治を行い、翌年元号を「建武」と改めましたので、これを建武の新政といいます。
しかし、建武２年（１３３５）、新しい政治の在り方をめぐって後醍醐帝側と足利尊氏側との間は完全に考え方の違いが明らかになって分裂してしまい、後醍醐帝は足利尊氏に追われて吉野に朝廷を移さざるをえなくなってしまいました（南朝）。足利尊氏は京都に別の天皇をたてて（北朝）、延元３年（１３３８）に尊氏は征夷大将軍に任命されました。
建武２年北条氏の残党が関東で反乱（中先代の乱）を起こした時、これを討伐するのに功があった佐竹氏（貞義）は常陸国の守護に任じられました。
南朝と北朝の対立構造は、明徳３年（１３９２）の南北朝合一まで約６０年間続き、常陸国においても、建武政権（南朝）と結ぶ小田氏、足利氏と結ぶ北朝方の佐竹氏という形で両派による抗争が続きました。前半は瓜連城を中心とした北部で、後半は小田城・関城など南部で戦闘が行われました。
常陸国における南北朝間のこの争乱は、建武２年（１３３６）から康永２年（１３４３）まで続き、北朝方の勝利で終わりました。この間、北朝方の中心として戦った佐竹氏は大いにその勢力を伸張させ、那珂川を越えて吉田郡石崎保にまで進出することとなりました。
天正１８年（１５９０年）３月、豊臣秀吉が京都を出発し、北条氏政の小田原城を包囲しました。このとき、常陸太田を本拠地とする佐竹氏は秀吉の参陣令に積極的に応じましたが、府中の大掾氏や筑波山麓の小田氏、水戸の江戸氏らは小田原北条氏と結んで、その影響力を利用しつつ独自の体制保持に努めていましたので、彼らは秀吉の陣営に参陣しませんでした。
小田原落城後の８月に、佐竹氏は秀吉から常陸国一円と下野国の一部を領地として与えられました。一方、参陣しなかった大掾氏や小田氏、江戸氏らも何の処分を受けずに存続していました。そこらが秀吉の賢いというか、ずるいところです。自ら処分すれば、それを実効あらしめるためには一戦を覚悟しなければならないかもしれません。そんなことは知らんぷりをして、恩賞として恩着せがましく彼らの領国を含め常陸一円を佐竹氏に与えられたわけです。
佐竹氏は、彼らの領国を含め秀吉から常陸一円を領国として与えられたわけですから、当然これを実効支配すべく、翌年にかけて武力討伐を始め、茨城・鹿島・那珂の江戸氏領を奪い、府中城を攻めて大掾氏を自害させ、大掾支族を中心とする鹿島・行方両郡の土豪を謀殺するなどして、領国の統一を実現しました。そして、天正１９年３月水戸城を本拠地と定めました。
この結果、大洗地方は、天正１９年に江戸氏領国から佐竹氏の支配下に入ることとなりました。この時、宮田村と大貫村は佐竹氏の蔵入地（戦国時代から江戸時代における領地区分の一つで、大名の直轄地のことです。所領のうち、家臣へ与える知行地に対するものです。蔵入地には、代官を派遣して直接支配を行い、年貢・諸役などの徴収にあたりました。）となり、神山村・成田村はその家臣の知行地となったようです。
「太閤検地」と言われる文禄の検地（文禄元年から慶長３年まで）で、宮田村は鹿島郡から茨城郡へと変わりました。
佐竹氏は、関ヶ原の戦いに際して、反徳川的立場にありましたが、さりとて石田三成方として積極的に行動したのでもありませんでした。このため、関ヶ原の戦いで天下を握った徳川家康は、その日和見主義を憎むところとなり、慶長７年（１６０３年）５月、佐竹氏を出羽へ国替えすることを申し渡しました。「外様」として江戸から遠隔の地に移封したのです。
佐竹氏領の常陸国には、替りに、秋田・仙北地方の大名が国替えとなって移ってきました。大洗町の区域の成田村と神山村は秋田土崎湊城から移った安東（のちに秋田氏）実季の宍戸藩５万石の領内となりました。また、家康の第５子で武田家の名跡を継いでいた武田信吉が、慶長７年１１月に下佐倉から水戸城に移り、１５万石の水戸藩の領主となったことにより、宮田村と大貫村は水戸領内となりました。このときの知行地一覧を示す書類に、宮田村と大貫村ともに記載されていませんので、おそらく両村とも「蔵入地」に編入されていたもののようです。