慶応４年（１８６８）１月３日、鳥羽・伏見街道で、幕府兵と会津藩・桑名藩１５，０００人は、薩摩藩・長州藩を主力とする朝廷の討伐軍４，０００人余と激突しました。これが戊辰戦争の発端となった鳥羽・伏見の戦いです。西洋式の軍備を整えていなかった「旧幕府軍」は、その日のうちに敗退し、徳川慶喜も江戸へ戻ってきてしまいました。
同年１月１７日、新政府は東北雄藩（仙台藩、米沢藩など）に「朝敵」となった会津藩追討を命じました。この時、守山藩主・松平頼升は病床にあり、また養子の廿二麿は十歳でしたので、２月７日、京都にあった３名（三本木鎗三郎、増子鼎一郎、遠藤無位）が家来総代として、会津追討に加担したいという嘆願書を征討軍に提出しました。
嘆願書（慶応４辰年２月）
「 乍恐奉願上候口上覚
右奉申上候 主人大学頭儀ハ先年ヨリ病気ニ有之 養子廿二麿儀ハ水戸故前中納言末子ニテ当年漸十歳ニ相成 総テ家来打寄乍不及補佐罷在候処 此度御一新之折柄藩中一同何卒勤王之道盡度種々談合仕居候処此頃会津御征討之御沙汰被為在候趣竊ニ伝承仕 元来会津国柄之儀ハ四方峻山巡リ要害堅固之土地ニテ 私処ハ会津ヨリ東エ去リ候事九里之場所ニテ何モ風土案内之儀ニモ候得ハ 御征討之節ハ大学頭儀御先手ニ被召加被下候得ハ 乍小藩家中一同粉骨砕身勤王仕度志願ニ御座候間何卒御憐愍ヲ以願之通被仰付被下候ハ大学頭始一同重々難有仕合奉存候
此段宜御取成 御沙汰偏ニ奉願上候 以上 」
３月７日には、「守山藩」として提出していた、新政府への恭順と会津追討の嘆願が認められました。水戸藩主慶篤をはじめ支藩である府中藩、宍戸藩の各藩主も「恭順」の意を表すため領地へ移っていたことに倣って藩主頼升はも多くの藩士の家族妻子を従えて、江戸藩邸から松川陣屋に移りました。藩領を守るために必死で、守山陣屋には新たに警護隊が編成されました。
３月１９日には、奥羽鎮撫の一行（総督・公家九条道孝）が仙台に到着、速やかな会津進撃を東北諸藩に命じました。（４月１１日には江戸無血開城）
これに対して、４月２９日、仙台藩、米沢藩、会津藩による談判が行われましたが、奥羽鎮撫からの謝罪降伏の条件を会津藩は受け入れませんでした。閏４月４日には、「会津藩の赦免嘆願」を申し入れるための仙台藩・米沢藩連盟による列藩会議招集の回状が出され、これが守山藩陣屋にも来ました。
これは会津藩側に立っての時局収拾会議ですから、守山藩としてはまことに苦汁をなめる思いであったことと思われます。とはいえ、近隣の大藩の招請を無視することも容易ではなく、結局「御番頭」の資格で、「②天狗党の乱」のところで触れた三浦平八郎が数名を率いて会議に出席しました。これが４月１１日の「白石列藩会議」というものでした。
４月１１日、列藩同盟の嘆願書は異議なく同意され、翌日仙台藩・米沢藩両藩主の添え書きを付して総督府に提出されました。しかし、嘆願書は却下され、東北諸藩はこの対応に憤慨し、奥羽列藩同盟をつくり、薩長部隊追放、南進、江戸奪還に進むこととなったのです。
守山藩は全く苦境に立ち、否応なく大藩の威圧の前に、同盟軍の一員として行動せざるをえぬ破目となってしまいました。新政府軍の北征するのを、白石口で防御するよう要求され、さらに磐城口への兵員転進の催促をも受けました。
５月１日には、白河口の戦いが始まり、守山藩も同盟の一員として白河口の守備にあたりました。しかし、守山陣屋の兵力は少なく、専ら人馬調達の任にあたっていたようです。５月１３日には、会津・仙台藩から、磐城口への出兵依頼の通知が来ましたが、守山陣屋の一存では決定できず、松川陣屋の指示を仰ぐため、出兵の延期を願い出ました。結局出兵の日が決まることはなく、守山藩は磐城口へ動くことはありませんでした。（５月１５日、彰義隊の戦い、壊滅）
５月１６日、旧幕府軍が白河口での総攻撃を開始しました。西洋式の武器で武装し、訓練を積んできた征討軍の圧倒的な軍事力に、旧装備の東北諸藩の劣勢は免れず、７月１４日白河口での戦いに敗れて撤退しました。
征討軍の次の攻撃目標となったのは守山藩の隣りの藩である三春藩で、７月２６日未明には、１２００人の政府軍の前に三春藩はあえなく降伏、２８日午後４時には守山藩も戦うことなくついに軍門に下りました。
水戸藩が恭順の意を表しているため、その支配を色濃く受けてきた守山藩としては、藩の統一した意思として新政府への恭順と会津追討への加担の嘆願をしたことは当然そうであろうと合点がいきます。こちらが本音なわけです。
しかし、その嘆願が認められていた守山藩が、その後、新政府軍に対抗する奥羽列藩同盟に参加し、後方支援業務だけとは言え、戦闘に加わったこと自体が不思議というか、不可解です。
これは守山領の周囲がぐるりと奥羽列藩同盟に参加している諸藩に囲まれているという状況下で、なんとか藩領を守ろうとした形振り構わぬ必死の行動と同情できないこともありません。小藩が生き残るための知恵ということでしょうか。
守山藩としては、はなから新政府と戦う意思が無かったし、隣藩の降伏に伴う絶好の機運に飛びついて「降伏」をした、ということかと思われます。
守山藩にとって「降伏」により戊辰戦争は終わったかのようですが、それからも、９月末会津藩が落城するまでの５０余日の間、守山藩の苦闘が続きました。すなわち、８月９日に総督府から新政府軍の「人馬兵食賄方」（東征軍の後方支援活動として食糧及び必要な物資の調達・運搬並びに人馬の調達にあたるもの）、具体的には備前藩の藩兵への人馬兵食の供給を仰せつかりました。このためには、陣屋の藩士はもとより、領内から大勢の農民を人足として徴用せざるをえませんでした。この任務のために、米代、味噌代、酒代、茶代、宿代、駄賃など莫大な費用がかかり、守山藩の財政は逼迫しました。
９月２２日の会津落城により会津での戦闘は終結し、この任務は終わりましたが、その後さらに、新政府軍が占領した幕府領、二本松藩領、棚倉藩領などの領地管理に当たらされました。石高２万石の守山藩が、この時点で７万２千石の領地管理、さらに追加によって１６万石の所領の管理（民生、徴税など）を負担させられましたので、守山藩の財政はいつ破綻してもおかしくない状態に陥っていました。